RKKP's organisation består af Bestyrelse, Fagligt Råd, Videncenter og styregrupper for de kliniske kvalitetsdatabaser.
På kræftområdet er de kliniske kvalitetsdatabaser forankret i sammenslutningen af Danske Multidisciplinære Cancer Grupper (DMCG.dk), der ud over kvalitetsdatabaserne har ansvar for udvikling af kliniske retningslinjer. Denne indsats understøttes af Sekretariatet for Kliniske Retningslinjer på Kræftområdet.